南加州大學的計算機工程師已經建立了一個深度學習框架,可以非??焖俚貙σ呙邕M行微調,以對抗新出現的COVID-19變異株。
該方法采用計算機模擬,可以在計算機上模擬生物過程,從而將大量候選疫苗減少到最有可能成功的候選疫苗。
通訊作者Paul Bogdan博士和南加州大學維特比工程學院的同事在2月5日《自然研究》的《科學報告》發(fā)表的一項研究中描述了這項工作。
在測試和驗證中,被其創(chuàng)建者稱為DeepVacPred的AI框架消除了95%的起始領域,并在不到一秒鐘的時間內淘汰了26種有希望的疫苗。
這組作者指出,這使得該團隊跳過了計算機疫苗設計中最費力的部分。
接下來,他們將26種氨基酸縮小到11種,以構建多表位疫苗,這種疫苗需要取出目前在藝術效果圖中已經非常熟悉的刺突蛋白。
“使用DeepVacPred,研究人員可以為一種新病毒構建多表位疫苗,并在一小時內驗證其質量,” Bogdan和合著者寫道。
Bogdan告訴USC News,將DeepVacPred應用于SARS-CoV-2病毒的詳細信息后,“可以在幾秒鐘內提供候選疫苗,并將其迅速進行臨床試驗,從而在不影響安全性的情況下實現預防性藥物治療。”
他補充說,此外,這種方法“可以進行調整,以幫助我們在冠狀病毒在全球范圍內變異時保持領先地位。”
該研究是免費的。